Frigivelsen af Tomb Raider skygge skete med næsten knap et kig. Spillet er bogstaveligt talt mere af det samme fra Rise of the Tomb Raider men beslutter at endelig afslutte trilogien af den nye Lara Croft. For dem der undrer sig over, hvordan det hele ender, vil denne artikel forklare afslutningen.
Kernen i spillet er centreret omkring at finde et skjult tempel beliggende i den peruvianske jungle. Det hele starter med Lara Croft og hendes ven Jonah, der udforsker ruiner i Mellemamerika. Efter at Lara erhverver en sjælden dolk, før Dr. Pedro Dominguez og resten af Trinity kan erhverve det, udløses en tsunami, og landsbyen udslettes. Dr. Dominguez formår at erhverve dolk og flyver til Peru for at finde en skjult by.

Lara og Jonah forsøger at slå Trinity til byen, men deres fly går ned i en storm, og piloten bliver derefter spist levende og flået adskilt af mandlige jaguarer.
Lara og Jonah klarer at flygte fra Jaguar Den, efter at Lara dræber de to dyr, og så hjælper han nogle af lokalbefolkningen, før han kører Trinity til græsstedet ved det skjulte tempel.
Lara sniger sig gennem Trinitys lejr og opdager, at deres hovedplan er at rekruttere hende i folden og tilegne sig de oplysninger, de kan fra Lara om hendes far Richard Croft.
Ved hjælp af en lokal navngivet Abby Ortez navigerer Lara og Jonah gennem de tyk peruanske jungler og ind i hjertet af det skjulte tempel.
Undervejs opdager de, at Trinitys lejesoldater bliver jagtet af en anden kannibalstamme.
Lara overvinder de åndelige guiders prøvelser for at komme videre ind i den skjulte by Paititi, som fører hende ind i et stridigt møde mellem kultister og nogle landsbyboere.

Lara redder en af landsbyboerne, der viser sig at være søn af dronning Unuratu, oprørslederen for indbyggerne i Paititi.
I byen opdager Lara, at Dr. Pedro Dominguez faktisk hedder Amaru, og han er oprindeligt opvokset i Paititi. Det viser sig, at Amaru/Dominguez var bror til Unuratus mand, som blev dræbt.
Dr. Dominguez planlægger at genvinde den anden artefakt, en boks, for at udføre et offer øverst i templet, så han kan omforme verden.

Dronning Unuratu har ført oprørerne mod treenighed, der har været til stede i Paititi i århundreder og i disse dele er kendt som "kultister". De er dybest set en version med lav leje af templerne fra Assassins Creed.
Kultisterne har ofret organer gennem tiderne for at behage guderne.
Cultist fanger Unuratus søn, men Lara hjælper med at få ham fri kun for Unuratu at blive fanget. Dybere ind i junglen møder hun et andet skjult tempel i den skjulte by, der har kassen. Kassen beskyttes dog af nogle kannibaler - de samme væsner, der har dræbt Trinitys soldater, kendt som Yaaxil.

Når Lara forsøger at hente kassen, opdager hun, at den mangler. Det viser sig, at kassen tidligere var blevet stjålet flere hundrede år af en missionær og skjult væk uden for Paititi for at forhindre Trinity i at få adgang til kassen.
Mens han forsøger at plyndre den gamle konges grav for at få en anden anelse for at genoprette solen og forhindre treenighed i at omforme verden, drænes dronning Unuratu af kommandør Rourke.
Unurato overlader Lara med at sikre, at Etzli bliver den retmæssige arv fra Paititi.

Jonah og Lara forsøger at finde spor i en lille by i Peru. Duoen bliver dog angrebet af en helikopter.
Efter en voldsom overgang fra Trinity, hvor Lara gennemgår en psykotisk PTSD-pause og myrder alle på et raffinaderi, når både Jonah og Lara endelig den kristne mission og endelig opdager placeringen af kassen.

Jonah og Lara henter kassen, Ix Chel, men Dominguez og Rourke formår at stjæle kassen fra dem, hvilket forårsager et jordskred i landsbyen.
Dominguez afslører også for Lara under deres møde, at han havde hendes far dræbt, fordi hendes far var på randen til at opdage Paititi og have omverdenen at rejse til den skjulte by, som Dominguez ikke kunne tillade.
Lara vender tilbage til Paititi og arbejder sammen med lederen af kannibalerne, Crimson Fire, for at stoppe kommandør Rourke. Den kvindelige leder af kannibalerne dræber Rourke, fordi en kvinde åbenbart ville dræbe den lige, hvide mand.

Lara springer ned Dominguez og vender ud mod ham, før han kan afslutte ceremonien og dræbe ham i processen. I hans døende ord fortæller Dominguez Lara at beskytte Paititi, hvilket virkelig er alt, hvad han forsøgte at gøre.
Lara får til opgave at genoprette solen til Paititi ved at blive en gud, det gør hun ved at absorbere kraften fra kniven. Lederen af Yaaxil, Crimson Fire, tager kniven og forsøger at stikke Lara som et offer. Kniven stikker dog ikke Lara, og hvidt lys stråler i stedet ud fra hendes krop.

Efter at have sparet Paititi Lara hjælper dem med at genopbygge og derefter heads hjem til hendes herregård, hvor hendes butler tjener hendes te. Efterhånden som efterkredit scenen falder ud, får vi et skud af en gammel tegning fra da Lara var barn, der viser en pyramide med en dinosaur, som er et påskeægreference til den oprindelige trilogi fra PSX-æraen.
TL; DR: Dr. Pedro Dominguez voksede op i en hemmelig, gammel landsby kendt som Paititi. Det var afskåret fra resten af verden. Der var profetier om, at landsbyen en dag ville blive ødelagt. Efter at have begivet sig rundt i verden, da han blev ældre, bekymrede Dominguez sig for, at kolonisatorer, naturkatastrofer eller angribere en dag ville ødelægge Paititi, så han følte sig tvunget til at opfylde endnu en profeti om at omforme verden for at beskytte Paititi og hans folk mod omverdenen. For at gøre det kræver det en speciel æske og en mytisk dolk.
Lara Croft forsøger at stoppe Dominguez, fordi hun ikke ønsker, at han skal omforme verden, og hun arbejder sammen med to stammedronninger for at nedkæmpe hans mænd, dræbe Dominguez og fuldføre ritualet selv. Spillet ender med, at Lara nyder livet i sit palæ efter at have forårsaget massiv ødelæggelse og død for Paititi.