Spillet starter med en mystisk dykker ud midt i havet. Efter at have søgt og svømmet rundt i et stykke tid, klarer dykkeren at genoprette og genoprette to droner, der hjælper hende med at navigere gennem havet.
Hele vejen igennem ABZU en stor hvid haj svømmer omkring at terrorisere dykkerens droner og forstyrre dykkerens dybhavs eventyr. Langs vejen aktiverer dykkerportaler, der frigør fisk, sender dem tilbage i det store hav, samtidig med at de afdækker en hemmelig koven, der yderligere genopretter det marine liv hver gang det aktiveres.
Hver interaktion med koven fører også dykkeren tættere og tættere på en mørk hemmelighed begravet i bunden af havet.
Efter at den store hvide haj ødelægger dykkerens dronførere, er dykkeren tilbage til at bruge rå signalkommunikation med fisken til at svømme sammen med dem eller rejse i deres pakker.
Mens du rejser gennem nogle af de mørkere områder af havet, kommer dykkeren over et område fyldt med trekantede elektriske miner. At komme for tæt sender et chok gennem den, der berører dem. Derefter kommer dykkeren over den store hvide haj, begravet under en af de maskiner, der har et lignende design til de elektriske trekantminer.
Efter frigørelse af hajen fra affaldet, både dykker og hajholdet op for yderligere at undersøge, hvor de elektriske miner kommer fra. De svømmer gennem vedligeholdstunneller og højteknologiske korridorer, der i sidste ende fører til et stort rum fyldt med elektriske miner, og i centrum er en trekantet moderhjerne. Den store hvide haj forsøger at angribe hjernen, men moderhjernen slår tilbage og elektrokuterer både dykker og haj.
Elektrokutionen er så alvorlig, at den ødelægger dykkerens ydre skal og viser, at dykkeren faktisk er en android. Dykkeren opdager også, at den store hvide haj er døde af elektrocutionen.
Venturing længere gennem havet afslører yderligere portaler, der frigør mere fisk og til sidst kommer dykkeren på en kæmpe, hemmelig marina, der fører mod en restaureringsportal, der ikke blot giver mere liv tilbage i havet, efter at det er aktiveret, men det gendanner også dykkerens krop og bringer en åndsversion af den store hvide haj tilbage.
Ridning på den store hvide haj fortsætter dykkeren og hajen med at genoprette havet, samtidig med at man ødelægger forankrede mekaniske stationer, der blev bygget af trianglemoderhjernen. Til sidst finder haj og dykker det massive, sunkne rumskib, der huser trekantsmorhjernen, og de træder ind i det, blæser alle sikkerhedsminerne og sprænger gennem moderhjernen og ødelægger det.
Plantelivet begynder at vokse omkring det ødelagte skib, hvilket indikerer, at livet vil fortsætte med at blomstre, mens dykkeren finder et nyt hjem i havet.
Dykkeren var oprindeligt en af undersøiske spejdere fra det trekantede rumskib, men i løbet af styrtet syntes dykkeren at blive adskilt fra resten af skibet. Drone-spejderne forsøgte at hjælpe med at føre dykkeren tilbage til moderskibet, men den store hvide haj ødelagde dem, da moderskibet drænet havets liv og forsøgte at fange visse fisk med portalerne.
Da dykkeren mistede sin hukommelse og måtte tage på en rejse for at genopdage hendes oprindelse, ændrer hendes prioriteringer efter at have opdaget skønheden i havet, og i stedet for at arbejde med Illuminati-rumdråderne begynder dykkeren at hjælpe med at frigøre fiskene, genoprette marine liv og til sidst holde op med hajen for at ødelægge moderens hjerne.
