Nu hvor Quantum Break er op og ud for Xbox One og pc, har nogle mennesker undret sig over spillets historie og slutning og ledt efter nogle forklaringer på, hvad der virkelig skete. Nå, det er lidt forvirrende, men afslutningen giver mening inden for sammenhængen med spilverdenen, og selve historien er meget mindre end hvad det kan se ud under det faktiske gameplay.
Ting starter med at Monarch raider på en universitetscampus, hvor brødrene Will og Jack Joyce er sammen med Jacks ven Paul Serene. Trioen tjekker Wills tidsmaskine i 2016. Under raidet bliver Paul fanget og passerer gennem tidsmaskinen for at redde sig selv. Paul og Jack var barndomsvenner, så når Paul træder ind i tidsmaskinen for at undgå at blive dræbt, prøver Jack at redde ham. Begge bliver udsat for rå doser af Chronon, hvilket resulterer i, at de er i stand til at manipulere tiden. Paul udsættes for en større eksponering for den og udvikler en sygdom, der nedbryder hans tilstedeværelse i selve tiden og forstyrrer kontinuiteten i tilstedeværelsen i tiden.
Når Paulus bevæger sig gennem tidsmaskinen, slutter han til "slutningen af tiden" i den fjerne fremtid, ikke i modsætning til "slutningen af tiden" i Chrono Trigger. Det siges at være et farligt og fjendtligt sted, hvor Paul og andre er nødt til at kæmpe for at overleve. Paul ender med at blive såret af Beth Wilder i slutningen af tiden, men formår at flygte og vende tilbage til 1999 sammen med Beth. Paul blev ved slutningen af tiden i flere år og forsøgte at overleve og finde en måde at forhindre katastrofen på, men han kunne ikke.
Når han lander tilbage i 1999, forsøger Paul Serene at dræbe Will, men fejler. Paul gør det til sin eneste mission at forberede sig på tidens ende ved at skabe en række beskyttelsesforanstaltninger. Han åbner Monarch-selskabet til netop dette formål, og i årenes løb bruger han det til at opbygge ressourcer og hvad der kaldes en redningsbåd til at bevare udvalgte mennesker fra tidspunktet for slutningen af tiden. Redningsbåden drives af en modforanstaltning oprettet af Will Joyce kaldet Chronon Field Regulator.
Under razziaen på biblioteket i den aktuelle tid med Will og Jack fører en ældre og tidstræt Paul Serene anklagen for at tage tidskernen for Monarchs egen tidsmaskine. De har brug for kernen og CFR til Lifeboat-initiativet. Paul dræber tilsyneladende Will under raidet og fanger Jack.
Jack har dog udviklet nogle af de tidskræfter, som Paul har, og han er i stand til at flygte fra Monarchs kløer. Jack modtager hjælp fra enten Nick eller Amy, der var på biblioteket om natten, da Monarch raidede på campus og stjal tidskernen. Afhængigt af de valg, spilleren træffer, vil Nick eller Amy ledsage Jack gennem nogle af hans rejser.
Jack finder ud af Will's tidsmaskine i et forladt svømmeanlæg efter at have fundet en nøgle til anlægget i Wills tilfælde. Beth er en muldvarp inde i Monarch, der hjælper og ledsager Jack til swimmingpoolen for at bruge tidsmaskinen til at gå tilbage og rette bruddet for at forhindre, at slutningen af tiden sker, men de kan ikke få tidsmaskinen til at arbejde. For at ordne maskinen har de brug for hjælp fra Monarchs Sofia Amaral, der tilfældigvis er Paul Serenes kærlighedsinteresse og den der giver ham behandlingen til at ordne sin tids sygdom.
For at få Sofia kidnapper de hende fra en fest, der afholdes på en monarkø; for at komme til øen tillader Jack sig at blive fanget. Afhængigt af de valg, spillerne træffer, afsløres det, at Pauls højre hånd, Martin Hatch, har planlagt mod ham hele tiden og frigør Jack, så Jack kan stoppe Paul.
Efter at have fået fri, klarer Jack og Beth at opfange Sofia og bringe hende til swimmingpoolen for at rette tidsmaskinen. Jack og Beth planlægger at komme tilbage i tiden for at få modforanstaltningen til at rette bruddet og stoppe Paul Serene. Men Sofia foretager nogle ændringer i tidsmaskberegningerne og sender Beth til slutningen af tiden. Mens hun kæmper for at overleve i slutningen af tiden, møder Beth en ung Paul Serene og klarer at sår ham; både Paul og Beth rejser tilbage til 1999, hvor Beth hænder sit yngre selv en notesbog af alt, hvad der skal komme og forberede.
Under sin kamp for at overleve i slutningen af tiden mister Beth viljen til at kæmpe efter at have gjort det til 1999. Jack leder tilbage til 2010 for at få modforanstaltningen, men undlader at gøre det. Paul Serene, efter at have etableret Monarch, kommer ind i en kamp med Jack og Beth. Beth bliver skudt og Jack bliver teleporteret tilbage til 2016, efter at CFR'en slukker og skaber den oprindelige brud i tide i 1999. Paul dræber Beth og tager modforanstaltningen ved at bruge den til redningsbåd protokollen.
Efter at være blevet katapultet tilbage til 2016, beslutter Jack at tage CFR-modstandsapparatet fra Monarch en gang for alle for at rette tid. Han leder til deres hovedbygning, hvor Monarch har indledt redningsbåd protokollen, fordi Paul og Sofia mener, at slutningen af tiden er nær. Jack får lidt hjælp fra en sikkerhedsingeniør ved navn Charlie, men Charlie dør ved at blive skudt af Martin Hatch, mens han forsøger at hjælpe Jack.
I et af valgene, efter at Martin Hatch dræber Charlie, kommer en af Monarchs elitesoldater, der var indrammet for at forråde virksomheden, Liam Burke, i en kamp med Hatch og formår tilsyneladende at dræbe ham. Hatch dør dog ikke.
Inden for dette valg er Burke overbevist af Paul Serene om at bekæmpe Jack og købe Paul og resten af Monarch tid for at få Lifeboat-protokollen fuldt operationel. Paul lover at beskytte Liams gravide kone Emily og bringer hende til redningsbåden.
Da Jack kommer til CFR øverst i bygningen, er Liam næsten død efter at have lidt et skud på sår fra tidligere. Ikke desto mindre kæmper Liam for at holde Jack fra at få hænderne på CFR. Liam er let besejret, og Jack tager CFR og rejser gennem tidsmaskinen tilbage til biblioteket, hvor Monarch først angreb universitetet for at stjæle tidskernen.
Jack klarer at redde Will fra at blive knust af den faldende snavs, og de to rejser til den hemmelige swimmingpool facilitet for at rejse et par dage ind i fremtiden, hvor Jack oprindeligt kom fra. Paul Serene har mænd, der venter på de to brødre, og når de ankommer en brandbekæmpelse følger. Paul og hans mænd er besejret, og Will and Jack klarer tilsyneladende at rette tidbruddet ved hjælp af CFR-modforanstaltningen.
Imidlertid synes Jack under denne proces at blive inficeret på samme måde som Paul oprindeligt gjorde. Jack ender med at gå til Monarch for at tale om at få hjælp til sit problem. Det viser sig, at Martin Hatch ikke døde og er villig til at arbejde med Jack for både at hjælpe med at gendanne Monarchs image og potentielt helbrede Jack af hans tids sygdom. Spillet ender med, at Jack bliver præsenteret for de to, hvilket definerer moralske valg, som Paul Serene normalt modtog gennem hele spillets historie.