divisionen har et par forskellige hovedfraktioner i spillet, der har bidraget til destabiliseringen af New York City. De tre vigtigste skurkefraktioner er Rikers, som er flygtede fanger fra Rikers Island, The Cleaners, som er mordere, der strejfer rundt og forsøger at "rydde op" i New York, og LMB, en lejesoldatergruppe, der er blevet slyngel.
Rikers er en af de vigtigste skurkefraktioner, du møder mod slutningen af spillet og GhostRobo udfører den sidste Rikers-mission og viser, hvad der sker med gruppens hovedboss, Larae Barrett. Det er en 24 minutter lang video, som du kan se nedenfor.
Indlysende spoilere er indlysende.
Spillere skal møde The Rikers, en gruppe kriminelle fra Rikers Island-fængslet.
Kaptajn Benitez vil have spillerne til at redde nogle af hans mænd, før de fuldfører missionen. Der er tre gidsler taget til fange af The Rikers spredt rundt i Lexington Event Center.
Spillere vil flytte ind i Lexington Event Center for at tage The Rikers ud og redde eventuelle overlevende gidsler. Spillere vil finde nogle ekkooptagelser undervejs for at se, hvad der skete i bygningen, og hvordan The Rikers torturerede og dræbte en masse betjente og andre mennesker, mens de var i bygningen, alt sammen ledet af The Rikers-leder, Larae Barrett.
Efter at have bevæget sig gennem Lexinton Event Center for at komme til hovedsalen, tager spillergruppen til sidst The Rikers og deres leder, Laerae Barrett, ud efter at have befriet gidslerne. Når missionen slutter, kan spillerne forlade Lexington Event Center velvidende, at The Rikers er blevet besejret.
Den anden hovedafslutning involverer lægen Jessica Kandel, der forklarer spillerkarakteren, at der er en vaccine på vej mod den virus, der rev gennem New York, og at de ikke kan overleve endnu et viralt angreb som det igen. Hun forventer, at spilleren vil håndtere de kræfter, der kan risikere at sprede virussen... igen. Du kan se den timelange video fra MKIceAndFire, som dækker de vigtigste afslutningsmissioner og den afsluttende film.
Spillere bliver nødt til at tale med JTF-kommandøren og tage FN's centrum tilbage fra LMB-lejesoldaterne, dette kræver at man går gennem et underjordisk tunnelområde og sprænger ind i garagen til FN's samlingscenter.
Hovedformålet bliver at angribe FN og neutralisere LMB, også kendt som The Last Manhattan Battalion, som er en privat militærgruppe ledet af Charles Bliss.
Imidlertid ender LMB med at blive forrådt af Aaron Keener, en AWOL Division Agent, som mener, at LMB "er forbi" og beslutter sig for at tage den russiske immunolog og flygte. Bliss beordrer sine mænd til at tage Keener ud og kommer ud af skjulet for at mødes med sine mænd i FN's generalforsamlingskammer, bygningen.
Spillere finder ud af, at Bliss er ude af skjul og beslutter at tage ham ned, mens de skyller LMB-styrkerne ud. Desværre lykkes det Bliss at flygte i en helikopter og komme væk fra bygningens tag.
Spiller-karaktererne kommer til sidst til generalforsamlingen og får adgang til en bærbar computer, hvor det viser sig, at LMB har holdt øje med "alle". Efter at have fået adgang til dataene vender Bliss tilbage til FN-bygningen i sin helikopter og cirkler rundt om gården for at udslette JTF-styrkerne.
Spillere engagerer sig i kamp med Bliss en sidste gang i en episk kamp lige uden for FN, hvor de bygger, mens han er en Blackhawk-helikopter, der affyrer missiler og skyder mod spillere på tværs af gården. Spillere kan bruge tårnene omkring gården sammen med deres standardvåben til at nedbringe Bliss' helikopter.
Efter at have taget helikopteren ud styrter den ind i en nærliggende bygning, sprænger i stykker og dræber kommandør Charles Bliss i processen.
Kaptajn Benitez lykønsker spillergruppen med at have besejret LMB-lederen og bemærker, at de vigtigste trusler mod New York er blevet besejret. Dette fører så til, at spillere har mulighed for at deltage i slutspilindhold, såsom Dark Zone.
Det lykkes dog Aaron Kenner at flygte sammen med den russiske læge, og JTF er stadig på udkig efter ham sammen med bioterroristen Gordon Amherst, som også formåede at flygte.
Selvom det ser ud til, at det er slut, viser det sig, at der er et ukendt signal, der udsendes nær Dark Zone. Når spillere går for at undersøge det ukendte signal, afsløres det, at den person, der udsender signalet, er ingen ringere end Aaron Kenner, divisionen Agent desertør. Keener er faktisk ikke der personligt, men han efterlod en ekko-enhed, der forklarer hans hensigter. Han forklarer, at det at være i divisionen var som at blive i snor, og at da Black Friday-virussen fejede gennem regionen, var det kun de dømte, mordere og PMC'er, der ville være i stand til at overleve, og at han var en af de overlevende.
Keener har immunologen sammen med en DNA-prøve og en "opskriftsbog" baseret på Amherts biokemiske forskning og planer om at skrive sine egne regler. Ekkoet slutter med, at Keener siger, at spillerkarakteren skal "komme ind på denne ting", før han forlader lejligheden og udsender signalet.
Efter at have forladt lejligheden er der endnu en kort videonotat, der indeholder Amhersts personlige noter om virussen, der blev samlet op fra den bærbare computer i lejligheden. Han forklarer i videoen, hvordan vira virker, og hvordan vira kan bruges til at kontrollere befolkningen. Amherst mener, at virussen vil afgøre, hvem der lever og hvem der dør, og hvem der fortjener at overleve. Han afslutter videoen med at sige, at han vil se spillerne i helvede.
